《系统生物学与中药方剂现代研究》上篇详细介绍了中药方剂现代研究过程中逐步形成的策略方法，包括中药方剂现代研究体系的建立，中药方剂药效物质基础的理论、思路与方法，以及各种新的技术和新方法在中药方剂中的应用。下篇则以上海和黄药业拳头产品麝香保心丸的研究为例，详细介绍了在已建立的中药方剂现代研究体系的指导下，对麝香保心丸开展深入系统研究所取得的最新成果。书中详细介绍了麝香保心丸物质基础研究、血清药物化学研究、质控技术研究、体内外结合的药物代谢动力学研究、代谢组学研究以及网络药理学研究成果，最终证明了麝香保心丸通过网络的形式对多基因进行调控从而到达治疗的目的。

      该书总结并提出了一整套包括化学物质基础研究、现代药理研究、系统生物学及网络生物学研究的中药方剂现代研究体系。该研究体系将为中药方剂提供整合现代科学技术和传统中医药理论的研究思路，有望用于系统、深刻地解释中药方剂的科学内涵，指导中药方剂新药的研发，从而更好地传承和发展中医药理论。

      该书的研究内容获得国家自然科学基金、国家科技部“十一五”科技支撑计划项目、国家重大新药创制专项、上海市科委中药现代化专项等多个国家和上海市科研项目的支持。